Deux types de textes fondent en droit les conditions d’engagement d’un chef d’établissement du CNEAP. Les premiers sont d’ordre interne à l’institution ; il s’agit du "statut de l’Enseignement catholique" promulgué par les évêques de France et du "statut du chef d’établissement du CNEAP". Les seconds sont d’ordre public ; il s’agit de la loi du 31 décembre 1984 et de ses décrets et arrêtés d’application, et plus particulièrement du décret du 14 septembre 1988 et de l’arrêté du 22 octobre 2004.

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Recruté par l’association responsable, le chef d’établissement doit présenter les titres, expériences et qualifications identiques à ceux de ses homologues de l’enseignement agricole public :

• diplôme de niveau II,
• expérience professionnelle de 5 ans au moins acquise dans l’exercice des missions de la loi du 31 décembre 1984,
• attestation de qualification pour la fonction de direction délivrée par le ministère de l’agriculture.

Il doit par ailleurs avoir reçu l’agrément de l’autorité de tutelle, diocésaine ou congréganiste qui lui confère aussi sa mission.

Le chef d’établissement est responsable par délégation devant les autorités dont il dépend. Il reçoit explicitement cette délégation du conseil d’administration de l’association responsable, et il détient l’autorité dans l’établissement par application des dispositions de l’article L813-8 du code rural. Il est le premier collaborateur du président de l’association qu’il tient régulièrement informé de l’exercice de ses fonctions.

Il représente l’établissement dans le cadre des mandats qui lui ont été confiés à cet effet.
"Le chef d’établissement a la responsabilité des différents projets et de leur cohérence. Dans le respect des textes en vigueur qui définissent son statut, avec la responsabilité pastorale que lui confère sa lettre de mission, il a la charge éducative, pédagogique, administrative et matérielle de l’établissement ; il veille à ce que soient assurées les meilleures conditions de l’animation spirituelle. Il rend compte de sa responsabilité à l’autorité de tutelle…" (extrait du statut de l’Enseignement catholique).

"Ses responsabilités découlent de la nature même de l’établissement qu’il dirige, établissement défini par le texte intitulé "L’établissement catholique d’enseignement agricole". Il lui faut respecter les lois et règlements en vigueur. Il veille à la qualité de l’enseignement et de l’éducation dispensés dans l’établissement.
Son action s’exerce sur les élèves, apprentis et stagiaires, sur l’ensemble de ses collaborateurs et auprès des familles. Elle s’étend à toute personne physique ou morale liée à la vie et à l’environnement culturel, socio-économique et professionnel de l’établissement.
Elles découlent également de la mission ecclésiale de l’Enseignement catholique. Il doit tout mettre en œuvre pour que se développe au sein de l’établissement un projet conforme aux textes précités. Dans le respect de la liberté des consciences, il a la responsabilité d’assurer les meilleures conditions de l’animation spirituelle - éducation de la Foi, enseignement religieux, formation à la vie chrétienne." (extrait du statut du chef d’établissement).

"Exerçant son activité professionnelle à partir d’un contrat de travail de droit purement privé, le chef d’établissement est cependant investi par la loi des prérogatives administratives et de l’autorité hiérarchique d’un "chef de service" pour l’organisation du service dans l’établissement, l’autorité vis-à-vis des personnels et les décisions vis-à-vis des usagers.
Comme toute autorité administrative, il exerce ses prérogatives dans un champ de compétences propres qui concernent :

• la gestion pédagogique : respect des orientations nationales, bon déroulement des enseignements et des contrôles en cours de formation, tenue des dossiers individuels, information des familles… ;
• la gestion de la vie scolaire : responsabilité des élèves durant tout le temps scolaire, stages compris, surveillance, éducation, suivi du travail, orientation, discipline y compris sanctions…" (extrait de l’arrêté du 1er octobre 1992).